Микробната горивна клетка е биореактор, който преобразува химическата енергия на химичните връзки в органичните съединения, в електрическа енергия, чрез каталитични реакции на микроорганизми, при анаеробни условия...

През тази фаза участват истинските метаногенни бактерии. Едни от тях – хемолитотрофите - превръщат н2 и со2 в метан , използвайки газообразния водород и водорода на водата като донор на електрони.